A történet középpontjában a Szent Ékkő áll. Az egész úgy kezdődött, hogy sok évszázaddal ezelőtt élt egy nagy szellemi erővel bíró papnő, Midoriko. Olyan nagy spirituális ereje volt, hogy egyszerre több szellemmel is képes volt végezni. Akkoriban sok volt a háború, és az emberek sorban meghaltak, vagy a szellemek falták fel őket. Csak Midoriko volt képes megtisztítani a szellemek lelkét. A papnő idejében az emberek, az állatok és a természet is a négy lelken keresztül keletkeztek. A négy lélek: aramitama (bátorság), nigimitama (barátság), kusimitama (bölcsesség) és sakimitama (szerelem). Amikor ez a négy lélek egybeolvad, akkor egyetlen ember lelkévé válik a szívének a belsejében. Amikor a négy lélek harmóniában van egymással, akkor naobinak hívják őket, és ettől az emberi szív megtelik jósággal. Ha valaki rosszat tesz a négy lélek feléleszti a gonosz energiákat, és az ember ezeknek a hatalmába kerül.

 

A szellemek bosszút akartak állni a papnőn, ezért összegyűjtöttek egy sereget, és megtámadták őt, és a falut, amiben élt. Midoriko 7 napon és 7 éjszakán át ellenállt, de végül az egyik szellem belemélyesztette a fogait a testébe. Utolsó erejével sikerült megragadnia a szellem lelkét, de a nagy erőfeszítéstől a saját lelke kiszakadt a testéből. Ami kiszakadt belőle az a négy lélek ékköve volt. Nem tudta megtisztítani a szellem lelkét, ezért megragadta, és bebörtönözte önmagával együtt. Bár a testük kővé dermedt, a szent ékkő belsejében továbbra is harc dúl Midoriko és a szellemek között. Tehát még nem veszítette el a csatát.

 

Az évszázadok során a Szent Ékkő sok kézben megfordult, halandók és szellemek is birtokoltál. A középkori Japánban vagyunk. A szent Ékkő oly mértékben beszennyeződött, hogy a szellemírtók már nem voltak képesek kordában tartani, és kerestek egy erős papnőt, akire rábízhatták, hogy megtisztítsa.

A szellemírtók egy százlábúszellem testében találták meg a Szent Ékkövet. Mivel ők nem tudták megtisztítani felkeresték Kikyou papnőt, és átadták neki. Ahogy Kikyou átvette a szent ékkövet a sorsa drámaian megváltozott. Ezentúl állandóan szellemekkel kellett harcolnia, akik mind az ékkövet akarták megszerezni.

 

Egy másik papnő, Tsubaki nem értett egyet azzal, hogy Kikyoura bízták az ékkövet, úgy gondolta, hogy inkább ő az aki meg tudja tisztítani azt. Megátkozta Kikyout azzal, hogyha egyszer szerelmes lesz, akkor természetellenes halált fog halni. Persze Kikyou ekkor úgy gondolta, hogy ő sosem lesz szerelmes. De mégis történt vele egy különös dolog. Éppen egy nehéz harcon volt túl, amikor megpillantotta InuYashát, a félszellemet egy fán. Inuyasha ekkor szerzett tudomást a Szent Ékkő létezéséről. Ezek után folyton Kikyou után ment, hogy elvegye tőle az ékkövet, mivel teljesen szellemé akart változni. Kikyou többször is megkímélte InuYasha életét, mert szánalmat érzett iránta, amikor rájött, hogy ő egy félszellem. A százlábú szellem feléledt, és újra az ékkövet akarta, ezért megtámadta Kikyou húgát Kaedet. Inuyasha megmentette a lányt, majd megölte a szellemet, és Kikyou a csontok kútjába dobta a testét.

 

Inuyasha és Kikyou sokban hasonlítottak egymásra, mindketten kívülállónak érezték magukat, így nagyon jól megértették egymást. Később már InuYasha nem akarta elvenni az ékkövet tőle, sőt együtt harcoltak a szellemek ellen. Eközben szépen lassan egymásba szerettek.

 

Tsubaki megkereste Kikyout, hogy erőszakkal elvegye tőle az ékkövet, mondván, hogy a papnő a félszellem iránt érzett szerelme miatt legyengült, és már nem tudja megtisztítani az ékkövet. Kikyou visszaküldte Tsubakira a saját átkát, majd megkímélte az életét és elküldte.

 

Később Kikyou talált egy összeégett banditát, Onigumót. Megsajnálta, ezért levitte egy barlangba, és titokban ápolta. Onigumo annyira össze volt égve, hogy semmit nem tudott csinálni, nem tudott megmozdulni sem, csak egyhelyben feküdt.

Onigumo gyengéd érzelmeket kezdett el táplálni Kikyou iránt, de ez nem teljesülhetett be, hiszen már mozdulni sem tudott. Ő is, mint oly sokan mások az ékkövet akarta. Egy napon felkereste őt egy pókszellem, és ajánlatot tett neki. Onigumo egy testet és hatalmat akart, hogy megszerezze magának az ékkövet és Kikyout, a pókszellem bele ment, de cserébe a lelkét kérte. Így a szellemek felfalták Onigumót, aki egy új testben született újjá. Az új testét számtalan szellem alkotja, akik Onigumot is átformálták, így az már csak haragot érzett Kikyou iránt, és mindenáron meg akarta ölni. Különös ismertetőjele egy pók alakú sebhely a hátán. Új testben jelent meg, egy új névvel, ami a Naraku volt. Naraku több száz szellemet küldött Kikyou falujára, hogy megszerezze az ékkövet, és megölesse a papnőt. Inuyasha és Kikyou együtt vették fel a harcot a szellemek ellen, így Narakunak az első kísérlete kudarcba fulladt.

 

Közben Kikyou felvetette a lehetőséget Inuyashának, hogy váljon teljesen emberré. Az ékkövet fel lehet használni rá, hogy egy félszellem emberré váljon. Ha ez megtörténik a Szent ékkő eltűnik a világból, és Kikyou is normális életet élhetne. Inuyasha elfogadta az ajánlatot, hogy emberré váljon és normálisan élhessen Kikyouval. Megbeszélik az időpontot, hogy Kikyou mikor hozza el az ékkövet Inuyashának.

 

Naraku tudomást szerez erről, és mindenképpen meg akarja akadályozni, hogy a tervük sikerüljön.

 

Először Kikyout csalja csapdába. Inuyasha bőrébe bújva megtámadja, súlyos sérülést okoz neki, és bántó dolgokat vág a fejéhez. Majd felveszi Kikyou alakját, és megkeresi a mit sem sejtő Inuyashát. Megtámadja, de Inuyashának sikerül elfutnia.

 

Inuyasha elárulva érzi magát, és bosszúból elmegy a faluba, hogy ellopja az ékkövet, és teljesen szellemé váljon. Sikerül is neki, és az erdő felé siet vele, amikor az igazi Kikyou is megjelenik. A papnő az utolsó erejével a Szent fához szegezi Inuyashát, majd belehal sérüléseibe. Ám előtte meghagyja utasításként húgának Kaedenak, hogy az ékkövet is égessék el a testével együtt, így többet nem kerülhet gonosz kézbe. Így történt, hogy Inuyasha a fához lett pecsételve, de még akkor sem tudta gyűlölni Kikyout, amit az bizonyít a legjobban, hogy az arcán nyoma sem volt gyűlöletnek, tekintete még akkor is békés volt. Kikyou szomorúan és csalódottan halt meg, de még ígysem tudta megölni Inuyashát, csupán lepecsételte.

 

Ebben a világban eltelik 50 év.

 

Majd egy nagy váltással a modern kori Japánban vagyunk, ahol egy kislány, Kagome Higurashi megszületett, a testében pedig a Szent ékkő volt.

Kagome elsőosztályos gimnazista, aki a családjával (az anyjával, a nagyapjával, az öccsével Sothával és a macskájukkal Buyóval) él. A családjával egy szentélyt gondoznak, ami ott áll, ahol egykor Inuyasha és Kikyou egymással harcoltak. A szentély belsejében áll a csontok kútja. Az udvarukon pedig ott a Szent fa, amihez egykor Inuyashát lepecsételte Kikyou. Kagome egy teljesen normálisnak mondható életet élt, egészen a 15. születésnapjáig. Azon a napon a macskájuk Buyo bement a szentélybe, és eltűnt. Sotha nem mert utána menni, ezért hívta a nővérét, hogy hozza ki a macskát. Ekkor különös dolog történt. A százlábúszellem, akit már annyiszor elpusztítottak, és a kútba dobtak, megragadta Kagomét, és behúzta a kútba, amin át a lány a középkori Japánba került.  Körbenéz, és egyből rájön, hogy már nem az ő világában van. Először az erdőbe megy, ahol meglátja a fához szegezett, békésen alvó Inuyashát.Majd egy közeli faluban találkozik az akkor már 60-as éveiben járó Kaedeval. Kaedenek azonnal feltűnik mennyire hasonlít Kagome a halott nővérére Kikyoura. Később kiderül, hogy Kagome Kikyou reinkarnációja. Kagome megismeri az ékkő történetét, és kiderül, hogy azért üldözi őt a szellem, mert az ékkő a testében van.

 

A szellem megint megtámadja, ezért Kagome befut az erdőbe Inuyashához. A százlábú kitépi a testéből az ékkövet, majd lenyeli, így ereje a sokszorosára nő. Kagome kénytelen kiszabadítani Inuyashát a fa fogságából, hogy az megölhesse a százlábút. Miután Inuyasha kiszabadul, végez a szellemmet, és az ékkövet követeli. Kagome nem adja neki oda, elmenekül, de Inuyasha üldözőbe veszi. Kaede a félszellem nyakába varázsolja a szelidítőnyakláncot, amit egykor még Kikyou készített Inuyasha számára. Ezzel Kagome meg tudja fékezni Inuyashát a fekszik szóval.

 

Később megint megtámadják őket, és elrabolja egy szellem az ékkövet. Kagome próbálja lelőni íjjal a keselyűt, de mivel még nem ért a harchoz rosszul lőtt, és az ékkő többezernyi szilánkra törik szét, és szétszóródik az egész világban. A történet valódi cselekménye itt kezdődik el. Kagome, mivel Kikyou reinkarnációja, így ő is egy papnő és rendelkezik spirituális erővel, emellett képes észrevenni a szilánkokat.

 

Így most Inuyasha és Kagome feladata, hogy összegyűjtsék a szilánkokat. Időközben új barátokra tesznek szert: Mirokura a szerzetesre, Sangora a szellemírtóra és Shippoura a rókaszellemre.

 

Emellett Narakunak is minden szándéka, hogy összegyűjtse az ékköveket. És ha ez még nem lenne elég, egy gonosz banya, Urasue feléleszti Kikyout, és visszahozza az életbe. Emellett még megjelenik a történetben Sesshoumaru, Inuyasha fivére, Myouga a bolha és még sokan mások...